Az ellenkondicionálást például akkor használjuk a kutyakiképzésben, amikor valamilyen a kutya számára kellemetlen ingerhez, hatáshoz akarjuk hozzászoktatni az ebet. A gyakorlatban a kellemetlen ingerhez párosítjuk a kutya számára kellemes, pozitív élményt.

Vegyük például azt a helyzetet, amikor az eb bizonytalanságot mutat egy kerékpáros közeledtével. A kerékpáros felbukkanása pillanatában jutalomfalatot kínálunk a kutyának. Ekkor számára a bizonytalanságot okozó történés egy kellemes élménnyel társul. Így a gyakorlások hatására a kutya már nem negatív élményként éli meg a kerékpáros közeledtét. A gyakorlások közepette ügyelni kell a fokozatosság elvére, ami természetesen az egész kutyakiképzés egészére érvényes.

Nem célszerű akkor alkalmazni az ellenkondicionálást, ha a kutya már nagymértékű félelmet mutat a gyakorlás során, mert így nem érhető el a megfelelő eredmény. Ebben az esetben a deszenzibilizációt vagyunk kénytelenek újra alkalmazni addig, amíg a kutya viselkedését már nem a félelem irányítja. Az ellenkondicionálás alkalmazása során nem csak a jutalomfalattal generálhatunk kellemes élményt a kutyában, hanem akár játékkal is, ha a kutyában magas szinten van a zsákmányszerző ösztön.